依據「高屏溪流域管理委員會執行計畫書暨設置要點」：
本會置召集人1人由經濟部部長或指派次長兼 任之副召集人3人，由經濟部次長、行政院環境保 護署副署長及行政院農業委員會副主任委員或 其指派人員兼任之委員24人(含3位副召集人)執行長1人，由經濟部部長指派適當人員兼任，承召集人之命，綜理會務，並得視實際需要召集工作會報，協調推動各項業務工作副執行長3人，由經濟部、行政院環境保護署 及行政院農業委員會各指派適當人員1人兼任，襄助執行長指揮督導所屬業務另設置綜合企劃組10人、管理組10人、行政室12人與聯合稽查大隊104人。其中巡防稽查員 60人為臨時雇用人員，其餘均為各單位派兼人 員。本會組織成員共計165人。